Formazione politica fondata nel 1998 da Armando Cossutta, in seguito alla scissione da Rifondazione Comunista avvenuta quando il segretario Fausto Bertinotti e la maggioranza del partito decisero di togliere il proprio appoggio al governo Prodi, determinandone la caduta. Il PdCI si alleò con l’Ulivo e fu determinante nel garantire la maggioranza ai governi D’Alema (1998) e Amato (2000). Alle elezioni politiche del 2001 entrò nella coalizione dell’Ulivo sostenendo la candidatura di Francesco Rutelli alla Presidenza del Consiglio. Nelle elezioni europee del 2004 conseguì il suo massimo risultato storico, ottenendo il 2,4% dei consensi e due seggi. Nello stesso anno aderì alla nuova coalizione di centro-sinistra, l’Unione, e nel 2006 entrò a far parte del governo guidato da Romano Prodi. Nel frattempo si consumò la rottura con Cossutta, che prima si dimise dalla presidenza e poi lasciò definitivamente partito (2007). In seguito a continue tensioni con il governo, soprattutto in tema di politica estera, il partito fu accusato di aver favorito la caduta del governo Prodi (2008). In seguito a un riavvicinamento con il Partito della rifondazione comunista (PRC), il PdCI aderì nel 2007 a un cartello elettorale di sinistra, la Sinistra-l’Arcobaleno, che nelle elezioni del 2008 non riuscì a superare lo sbarramento previsto dalla legge elettorale. Dopo una fase segnata da intense polemiche interne, nelle elezioni europee del 2009, il partito si presentò con il PRC all’interno di una lista unica, che tuttavia rimase anche in questo caso al di sotto della quota di sbarramento.
Nonostante i deludenti risultati elettorali, fu portato avanti il progetto di riaggregazione di un polo della sinistra e nel novembre 2010 fu celebrato a Roma il primo congresso della Federazione della Sinistra (FdS). Dopo la caduta del governo Monti, nei confronti del quale si era posta in termini fortemente critici, in vista delle elezioni politiche del 2013 la FdS aderì al cartello guidato dall’ex magistrato Antonio Ingroia, Rivoluzione civile, ma non riuscì a conquistare nessun seggio in parlamento.